液相色谱与质谱联用在国外已成为测定低浓度生物药品中药物及代谢物的首选方法，LC-MS-MS法测定血浆中HIV-1蛋白酶，准确高效，血浆中残留的内源性组份和其他药物不干扰测定，既节省材料又节约时间，已经应用于体液、血浆、血清中的药物分析。
 
中药研究的大趋势是全成分分析，通过对从单味药到复方的不同配伍、煎煮时间等的研究，才能发现中药中化学成分的变化规律，找到中药机理之间的有机联系。中药成分繁多，且各种成分的性质遍布所有极性段、酸碱范围。实现多成分分析的最简单途径即在一根足够长的色谱柱上，采用温和的流动相，在足够久的时间内洗脱。但这与现代分析要求的简便快速相违。通过大量的应用研究表明,高效毛细管电泳在分析中药成分，尤其在分析高极性化学成分方面有较大优势，在分析大量的复方制剂方面显示了较高的能力。
 
由于毛细管几乎不会出现高效液相色谱分析中常出现的柱床污染现象，而且用过的毛细管柱只需很短的时间进行冲洗后，即可以进行第二个样品的分析，快速高效且分辨率很高。新兴的毛细管电色谱是集高效液相色谱和毛细管电泳优势于一身的一种新型电分离微柱液相色谱技术，它是将高效液相色谱的多种填料微粒移到毛细管中，以样品与固定相间的相互作用作为分离机制，以电渗流为流动相驱动力的色谱过程。
 
最近，一些先进的检测仪器成功的用在了高效液相色谱分析法上，使得高效液相色谱的应用更广泛,并充分利用高效快速、选择性好、灵敏度高等优点，建立更加系统的成分分析方法。